Вы путаете карательное право (преступления и правонарушения) с гражданским и административно-процессуальным.
Дела, не рассмотренные на момент вступления новых норм в силу, могу либо рассматриваться на старых условиях, либо попадать под новые требования - в зависимости от того, как это прописано в законе. Исторически бывали оба варианта, иногда оставляют рассмотрение по старым нормам, иногда сразу переводят старые дела на новые требования.
В любом случае, это не имеет никакого отношения к предоставлению гражданства, где единственное необходимое условие - правильно оформленные внесек, остальное остается на усмотрение президента и его канцелярии.