У моих знакомых опыт диаметрально противоположный. Они летали ко мне в Австрию и через Чехию, и через Германию, и через Польшу, и через Литву. Вопросы как на границе, так и при получении следующей визы периодически задавали, но но объяснение "так было дешевле/удобнее" всех устраивало. Причин, почему поляки вас поначалу завернули, может быть сотня.
Кстати про необходимость наличия билета в Литву в этом топике говорилось неоднократно.