Да, вы можете послать опять только те дипломы что из ВУЗов, которые признаются. Единственный момент что это не пройдет если у вас бакалавр из непризнанного ВУЗа, а на основании него магистр из другого ВУЗа. Послать только магистра не получится. У вас какие дипломы из каких ВУЗов?
Перечень я не нашел, но обычно при регистрации на сайте WES они сразу говорят - такой то ВУЗ не посылайте, его дипломы не признаются. Умельцы из Украины и так и сяк пытаются зарегистрироваться, и обычно меняют несколько букв в названии ВУЗа чтобы пройти регистрацию, но потом им все равно отказывают... Это ваша ситуация?
Самый "ходовой" ВУЗ в этом плане - это МАУП. Обычно люди злятся, ругают WES, активно начинают искать альтернативы типа ICAS, и пропадают с форума... Пока что ни одного человека кто был с проблемным вузом типа МАУПа, кому отказали в WES и кто пытался альтернативными путями эвалюировать диплом и succeded, нет.