Чтобы податься на карту - Вы должны легально находиться в Польше. После того как истекут 90 дней - Вы будете находиться тут нелегально, если не успеете податься на карту, значит нужно податься до этого момента.
Вы один из многих, кто путает легальность пребывания и легальность работы
Легальность пребывания определяется безвизом, визой, картой побыта или подачей на карту в установленные сроки с полной документацией.
Легальность работы определяется наличием ошвядчения или разрешения на работу и легальным пребыванием, за исключением некоторых типов визы (вроде туристической) и ожидания карты побыта после такой визы.
То есть, если Вы находитесь в Польше легально (например, по безвизу) - чтобы легально работать достаточно получить разрешение или ошвядчение, которое позволит Вам работать до того момента, как закончится или само разрешение, или легальное пребывание.