Есть такая фишка, как заморозка предприятия одним заявлением, до 3х лет емнип.  
Ну а далее, если не вести деятельность, налоговая сама может закрыть Вашу компанию (если не сдавать декларации) 
Но правильнее и красивее делать все самому, по закону. Аудит, процедура ликвидации и т.п.