Логика такая (пусть меня поправят, если я в чем-то ошибся) - есть дом, он стоит на земле. За землю полагается налог, но она не то чтобы чья-то - она общая среди владельцев дома. Потому, в целях налогообложения, берется налог на землю целиком и делится пропорционально площади квартир между владельцами - чтобы в целом все жильцы оплатили полную сумму налога на эту самую землю.
То есть, пользоваться землей по своему усмотрению Вы не можете, она не лично Ваша (и потому разрешение на нее не нужно), она как бы общая среди всех владельцев квартир в данном доме. Но налог за нее платить все равно надо, и потому налоговая Вам прислала напоминание о том, что было бы неплохо его заплатить.
ЗЫ. Насколько я знаю, бывает еще так, что квартиры продают, а земля остается в собственности застройщика или еще кого-нибудь. Но как по мне это немного стремно.