Указывать надо Украину; для обслуживания крымчан (выдачи справок), насколько я помню, были созданы офисы в Херсоне.
С действующим российским паспортом возможна единственная засада - если в нем будет написано что он выдан в "Крыму, Россия". Но я так понял, РФ этот нюанс обходит, указывая учреждение, находящееся не в Крыму. Канадское посольство в Киеве может попросить доказательство что она проживает в Украине - для этого достаточно будет предъявить украинский паспорт с регистрацией.