Есть ответ для тех кто спрашивал, когда и кто меняет данные в реестре PESEL:
Po nadaniu obywatelstwa polskiego cudzoziemcowi przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej zmiany danych w rejestrze PESEL w zakresie obywatelstwa polskiego dokonuje Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji.