Ну, я предполагаю, что наличие второго гражданства станет прозрачнее и будут просить предъявить правильный паспорт. Опять-таки, в случае, например, американца с итальянским паспортом, прилетающему в Париж, вцелом, все равно по какому паспорту пересекать границу и требование предявить итальянский паспорт, если его система распознает как гражданина ЕС, не приведет к отказу во въезде. Так что, подозреваю, что формально это все будет оставаться как есть.
Опять-таки, абстрактному ливийцу в аналогичной ситуации нет смысле предъявлять ливийский паспорт...