Мне визовый центр дал ответ, и сказали что забирают 2 загранпаспорт, только для того что бы на время расмотрения дела я не мог покинуть територию Украины.
Вот ответ визового центра:
В случае наличия других загранпаспортов, их нужно включить в визовой анкеты (оригиналы и копии), согласно требованиям Консульства. Если же предыдущие паспорта были сданы или аннулированы, необходимо предоставить внутренний паспорт с соответствующей отметкой или справку из ОВИРа о его изъятии.
Это нужно для того, чтобы человек на момент рассмотрения визового заявления находилась на территории страны постоянного проживания, чтобы избежать нарушений законодательства ЕС.