ну в самом названии "индивидуальный предприниматель" заложено, что не только три, но и одно лишнее рабочее место не предусмотрено. и на каком основании могут заставить нанять трех работников? тогда надо перерегистрировать в фирму. Но это, как вы верно заметили, малореально.. Можно только надеяться, что просто с 1 ноября ИП перестанут быть той формой, при которой будут давать ВНЖ. А для старых, кто уже зарегистрировался - "закон обратной силы не имеет".