Все возможно. По порядку.
Создать свое ИП в Литве вы сможете. Здесь вас проконсультируют, как это сделать. Для начала прочитайте соответствующую ветку на форуме. Затраты не больше 1000 литов, если будете делать сами.
Так, как работы от имени литовского ИП выполнять будете лично вы, то вам придется получить литовский ВНЖ. Нюанс в том, что ваш польский ВНЖ не дает вам право работать на предприятии Литвы.
Получить литовский ВНЖ тоже не сложно. Единственное, придется поработать на вопросом декларирования места проживания.
Далее, литовское ИП имеет право выполнять работы по договору подряда, или субподряда в любой стране ЕС, если местные законы в этой не требуют специального разрешения на вид работ.
Ваш польский работодатель на таком порядке взаимотношений с вами выигрывает в двух местах. Все, что он будет платить вашему ИП - для его предприятия - затраты, уменьшающие доход, следовательно и налоги. Помимо этого, он больше не будет платить налоги с вашей зарплаты, что тоже экономия.
Но, налоги возникают у вашего ИП И у вас лично, как работника своего ИП.
Однако, подозреваю, что все ваши совокупные налоги в Литве будут меньше, чем они были бы в Польше. Налицо - выгода.
Если только ваш польский Работодатель, став вашим заказчиком, учтет эту сумму в расчетах с вами. А именно, увеличит сумму бывшей вашей зарплаты на величину налогов.
Иначе, зачем вам это все организовывать.
