Если Ваши дети не проходили процедуру подтверждения гражданства Украины то они гражданами Украины не являются, но это к пересечению границы отношения не имеет. В вашем случае, если ничего не поменялось, если в Украинском свидетельстве о рождении указано, что отец гр России, то его разрешение на вывоз детей не требуется, но повторюсь это еще раз надо уточнить.