Ехать в автобусе который не имеет оствновок в Польше( тоесть транзит) я бы не рисковал, могут высадить случаи стандартные.У вас есть два варианта безболезненного прохождения границы с Вашей визой . 1. ехать в Польшу автобусом или поездом , далее в Германию .При прохождении границы можно показать что едете в Польшу, а как заедете то далее уже в Германию без проблем. 2. Договориться с водителем автобуса в Германию, что он Вас заберет уже на польской территории а самому пройти ее через пешеходный переход указав пограничнику что Вас встречают на границе к примеру.