Ну что же так категорично? Порядок выдачи долгосрочной визы типа Д действительно регулируется, в основном, национальным законодательством стран-участниц шенгенского соглашения, а вот ее единообразие, порядок перемещения внешних границ Шенгена и пребывания на территории Шенгена по такой визе, регулируется прямо применяемой нормой Европейского Союза: Регламентом Европейского Парламента и Совета (ЕС) № 265/2010 от 25 Марта 2010 "О внесении изменений в Конвенцию о применении Шенгенского соглашения и Регламент (EC) № 562/2006 в отношении перемещения лиц с долгосрочной визой".
Вот и получается, что она по факту шенгенско-национальная. А начало этому было положено еще когда практиковались визы Д+С.
Это уже второй вопрос. Да, кстати, а разве она (долгосрочная виза) не продляется на территории Польши? Кроме того, у чела ведь уже может быть польская регистрация ("прописка"), есть проездные билеты, которые указывают, что Чехия была транзитом.