У меня очень похожая ситуация, родился на Украине и проживал там на момент принятия независимости (то есть автоматически стал гражданином Украины), но до получения паспорта уехал в Россию, получил паспорт РФ, сейчас вернулся на Украину, и мне также было отказано в получении ВНЖ, с такой же формулировкой (уже являюсь гражданином Украины), но предложили получить паспорт Украины, предупредив что для этого придется отказаться от гражданства России, оговорившись, что Россия, не признает такие отказы, вообщем я понял, что, в принципе, реально получить паспорт Украины и жить с двумя паспортами. Как то так