Между Словакией и Австрией нету границы на которой отмечают время Вашего въезда и выезда. Поэтому, формально - Вы должны соблюдать правило 3 месяцев пребывания, а реально - мало известных случаев, когда было зафиксировано Ваше пребывание в соседней стране шенген-зоны с нарушением правила 3 месяцев.